亲和色谱（AFC）在分离或纯化生物分子方面具备极高的特异性与选择性潜力。几乎所有生物分子均可基于其化学或生物结构与适宜亲和配体之间的特异性相互作用进行纯化。
在亲和色谱中，目标分子通过与互补配体发生特异性、可逆的吸附作用而被固定于基质上。典型的互补配体包括抑制剂、底物类似物、辅因子，或能特异性识别目标分子的抗体。其选择性通常基于空间识别的“锁钥”机制。
随后，吸附的分子可通过竞争性置换，或通过改变pH值、离子强度引发构象变化的方式进行洗脱。典型的分子配对包括抗原与抗体、酶与辅酶、糖类与凝集素等。
由于亲和相互作用的高选择性，纯化倍数可达数千倍。虽然亲和色谱并非绝对特异（不存在仅与一种底物相互作用的酶），但它仍是分离蛋白质选择性最强的方法。
